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对于上面的角质栉片或鲸须的此类结构，依我们来判断，习性或使用对其发展，相当少甚至一点作用都没有。反之，比目鱼下面的眼睛朝头的上侧的移动，及一条有着持握性的尾的形成，基本上全部能够归因于不间断地使用与伴随着的遗传效果。有关高级动物的乳房，最可能的推测是，早先某种有营养的液体从育袋动物的袋里全表面的皮腺分泌出来；之后此等皮腺经由自然选择，在机能上得以改进，而且汇聚于某个部位，这样就形成了乳房。
要弄明白一些古代棘皮动物的用作抵挡分支的棘刺，怎么经由自然选择而变成三叉棘，同弄清甲壳动物的钳是经由早先专门用于行动的肢的末端二节的细小的、有利的变异而得以发展相比较，也并不是更为困难，在群栖虫类的鸟嘴体与震毛中，我们发现由相同的根源演变成外表上差异极大的器官；而且有关震毛，我们可以弄明白那些不间断的级进变化也许有什么作用。有关兰科植物的花粉块，能够从原先用以将花粉黏合在一起的细丝，寻找到慢慢黏合成花粉块的柄；另外，比方平常花的柱头所分泌的黏性东西，能够用以即便并不是完全相同的，可粗略一样的目的，该黏性物质黏附在花粉块柄的游离末端上所历经的阶段，也能够寻找出来--一切此类级进变化对于诸类该植物都是特别有作用的。对于攀缘植物，我不再重述。
往往有人问，既然自然选择这么有力量，为何一些物种没获得对其明显有好处的这种或那种结构呢？可是，想到我们还不了解所有生物的发展历史与目前决定其数目与分布范围的因素，因而还不能对此种问题给予确定的回答。在诸多情况中，只可以列举通常的原因，单在少部分情况中，才能够列举出不具体的原因。这样一来，倘若让某个物种去适应新的栖息习性，必定要产生诸多协调的变异，而且通常会遇到下述的情况，那就是那些不可缺少的部分不通过恰当的方式或者恰当的程度产生变异。诸多物种肯定因为破坏作用，而阻拦了其数量的增长，在我们看来该作用与一些构造对物种有好处，因而便觉得它们是经由自然选择而被得到的，但实际上并无关系。在该情况中，生存竞争并不凭借这类结构，因而此等结构并非经由自然选择而被取得。
在诸多情况中，某种结构的发展要有复杂的、长期且往往有着特别性质的因素的存在，但遇到此种所必备的条件的机会或许相当少。我们所设想的、而且一般错误认为的对于物种有好处的任意某种构造，在所有环境条件下都是经由自然选择而被得到的，该想法和我们所能了解的自然选择的活动方式恰恰相反。米伐特先生也承认自然选择有一些影响，不过他认为，我用它的作用来说明此现象，“例证还不太充分”。在前面他的重要论点已被讨论过了，另外的论点后面还将要讨论到。我们的论点据我看来，这些论点仿佛很少有例证的特性，其分量远远比不上，我们觉得自然选择是强有力的，并且通常受到另外的作用的帮助。我应该补充一点，在此我所引用的事实与论点，有的已在新近出版的《医学外科评论》的某篇杰出的论文里，因相同的目的而被提出过了。
目前，基本上全部的博物学者都承认有某种形式的进化存在。米伐特先生认为物种是依据“内在的力量或趋向”而产生变化的，此种内在的力量到底为何物，的确一无所知。全部进化论者都觉得物种有着产生变化的能力；可是，据我观察，在普通变异性的趋向以外，仿佛无任何其他内在力量；普通变异借助于人工选择的帮助，以前创造了相当多适应性很好的家养族，且它凭借于自然选择的帮助，肯定会一样好地、慢慢地形成自然的族，也就是物种。最终的状态，同之前所说的，往往是体质的进步，可在一些少部分例子中是体质的退化。
米伐特先生进一步阐明新物种“是忽然出现的，并且是经突然变异而构成”，另有部分博物学者赞同他的此种见解。比方说，他设定已绝迹了的三趾马与马之间的区别是倏地产生的。他觉得，鸟类的翅膀“仅因有着明显且性质重要的、较为突然的变异而发展起来，除此之外，其他的理由都难以信服于人”；而且他把这种看法很明显地推之于蝙蝠与翼手龙的翅膀。这表明进化系列里具有巨大的断裂或者间性，这个结论，照我来看，是完全不可能的。
不管谁倘若认为进化是缓慢而逐步的，必然也会认为物种的变化有可能是倏地一下子的并且是巨大的，如同我们在自然环境下，或者即便在家养环境下所见到的各个单独变异一般。可是倘若物种被照料或培育，较之在自然环境里就更容易发生变异，因而，像在家养环境下通常产生的如此巨大而突然的变异，在自然环境下通常不太可能出现。家养环境下的变异，有一些能够归因于返祖传承，这样再出现的性状，在很多情况下，最初可能是慢慢得到的。另有更多的情况，一定被称为畸形，像六个手指的人、多毛的人、安康羊、尼亚太牛等；因其性状与自然的物种大为相异，因而它们对我们所讨论的问题提供的说明不多。除这些忽然产生的变异以外，剩下来的少部分的变异，倘若在自然环境下出现，至多仅可形成和亲种类型依旧存在着密切联系的可疑物种。
我觉得自然的物种会同家养族那样也忽然产生变异，而且我一点都不相信米伐特先生所说的自然的物种以奇特的方式在发生变化，解释如下。依照我们的经验，迅速而明显的变异，是独自地、而且间隔较长的时间，出现于家养族里。倘若此种变异出现在自然状况下，同前所述，或许会因偶然的毁灭和后来的彼此杂交而易失去；在家养环境下，除非这种突然变异因人的干涉被隔离且进行特殊保护，我们所了解的情形也的确如此。因而，倘若新物种如同米伐特先生所设定的那种方式而突然产生，那么，基本上就要相信一些特异变化了的个体会在相同的地区里一起出现，可这是与全部推理相反的，正如同在人类的不经意选择的场合中那样，该难点只能依照逐步进化的学说才能避免；所说的逐步进化是经由多少向着一切有利方向演变的大部分个体的保留和向相反方向演变的大部分个体的不复存在来体现的。
诸多物种经由十分渐进的方式而进化，基本上是不用置疑的。很多自然的大科里的物种甚至是属，互相之间是如此的密切类似，使得许多都很难区分开来。在每个大陆上，经北至南，经低地至高地等，大量密切近似的或典型的物种会被我们发现，在相异的大陆上，我们能够认定以前它们曾是接连的，也能够看到相同的情况。可是，同时我还要先说说今后将探讨的问题。观察一下环绕一个大陆的诸多岛屿，那个地方的生物有多少只可以提升到可疑物种的地位。如果我们考察过去，用消失不久的物种和目前还在相同地区里生存的物种进行比较；或是把埋存于相同地质层的相异亚层里的化石物种来比较，情况也是这般。呈然，诸多物种与目前依旧存在的或近代曾存在过的物种的关联，是相当密切的；不可以说这个物种是以突然的方式产生的。同时还须记住，我们在考察类似物种的、而不是相异物种的特别之处时，能够找到无数十分微小的级进，这些微小的级进能够将完全不同的构造联系在一起。
诸多事实，仅依照物种经极细微的步骤发展起来的原理，才能够得以说明。比方说，大属的物种在相互关系上比小属的物种更加紧密，且变种的数量也较大。大属的物种又如变种绕着物种那样聚为小群，它们还有其他方面相似于变种，在第二章里我已有过说明。依照相同原理，我们可以了解，为何物种的性状相比属的性状会产生更多变异；以及为何以不同平常的程度或方式发展起来的部分较之相同物种的剩余部分会有更多变异。关于这方面还能列举出相当多类似的例子来。
即便产生诸多物种所历经的步骤，不比产生那些分别微细变种的步骤要大；可是还是可以认为，一些物种是通过不一样的与突然的方式发展起来的。可是倘若承认的话，就不得不提供有力的证据。昌西·赖特先生曾列举出若干不清楚的且在一些方面存在错误的类比来说明突然进化的观点，比方说无机物质的忽然结晶，或是存在小面的椭圆体经一小面下陷至另一小面；这些类比基本上毫无探讨价值可言。但是有一类事实，比方说在地层里突然有新的而且不同的生物类型出现，乍一看，仿佛可以支持突然进化的主张。可是此证据的价值的决定权在于和地球史的久远时代有关的地质记录是否完全。假如那记录和很多地质学者所认为的那样，只是片断的话，那么，新类型仿佛是突然出现的说法，就不以为怪了。
只有我们承认转变如同米伐特先生所以为的那般巨大，比方说鸟类或蝙蝠的翅膀是突然构成的；又或是三趾马会猝然变为马，要不然，突然变异的主张，对于地层里相接链锁的不足，提供不了任何解释。可是胚胎学对于此种突然变化的主张提出了坚强有力的反对。谁都知道在胚胎的初期，鸟类与蝙蝠的翅膀，还有马与其他走兽的腿，并无区别，之后它们经过不可觉察的微细步骤而产生了分化。如同后面还要提及的，胚胎学上全部种类的类似性都能够此般解释，就是现有物种的先辈在幼小的初期以后，产生了变异，并且将新得到的性状遗留给相当年龄的后代。这样，胚胎近乎不受影响，而且能够作为那个物种的曾经情形的一种记录。因而，在发育的最早阶段中，现有物种同属于相同纲的古代的、绝迹的类型通常非常类似。依据这种胚胎相似的主张，实际上依据任何主张，都不可相信某种动物会历经上面所说的那样巨大且突然的变化；再说在其胚胎的状态下，找不到任何突然变异的迹象；其构造的各个细微之处，都是经无法觉察的微细步骤发展起来的。
假如认为某种古代生物类型经由某种内在力量或内在走向而突然转变成，比如，有翅膀的动物，那么他就必须来假设许多个体都一起产生变异，这和全部类比的推论相反。不可否认，此类结构上的突然而巨大的变化，不同于大部分物种所明显产生的变化。甚至他还必须认为，与相同生物的另外的全部部分完美地相适应的以及和附近环境完全地相适应的诸多构造全部是一下子产生的；而且对于这样复杂而特异的彼此适应，他将没法解释。他还不得不承认，在胚胎上这种巨大而突然的变化并没留下一丝痕迹。照我看来，承认这些，便走入了奇迹的空间，从而离开科学的领域。